Il était une fois, dans une grotte juste au nord de Durango, au Mexique, quelqu’un a fait caca. En fait, il s’agissait d’un certain nombre de personnes, et ces événements se sont étalés sur un certain temps, d’environ 725 après JC à 920 après JC. les chercheurs croient maintenant. Grâce aux conditions arides de la grotte, lorsque les archéologues ont fouillé l’endroit dans les années 1950, les crottes étaient en assez bon état. Altérés, secs et remplis de fibres, ces échantillons de selles ont donné aux scientifiques un aperçu précieux du type de nourriture dont les gens d’autrefois se nourrissaient et de ce qui vivait dans leurs intestins.
Les dépôts de la grotte sont désormais très fréquentés et ont été acheminés vers divers laboratoires intéressés à les étudier. En 2021, une équipe mondiale de collaborateurs analysé l’ADN contenu dans les vieilles crottes– ou paléofèces, comme on l’appelle délicatement – pour voir s’ils pouvaient identifier les microbes dans les microbiomes intestinaux des caca.
Maintenant, dans un nouveau papier publié dans PLoS Unun autre groupe de chercheurs a jeté un nouveau regard sur l’ADN prélevé sur 10 des crottes. Leurs résultats confirment largement une découverte antérieure : les personnes qui fabriquaient ces crottes hébergeaient une ménagerie de parasites.
Accueillir des vers
Habituellement, les crottes avec lesquelles Drew Capone, l’auteur principal de l’étude, travaille sont beaucoup plus fraîches. Microbiologiste environnemental à l’Université d’Indiana, Capone étudie l’impact de l’assainissement sur la santé. « Notre travail consiste à déterminer : « Comment les excréments pénètrent-ils dans l’environnement ? Où se trouvent les excréments dans l’environnement ? Comment les infrastructures empêchent-elles les excréments de pénétrer dans l’environnement ? Et puis, quels sont les impacts des excréments sur la santé pédiatrique ? », dit-il.
Capone et ses collègues souhaitaient utiliser des techniques permettant de détecter des agents pathogènes dans les selles modernes sur des selles anciennes. Ces méthodes trient l’ADN d’un échantillon à la recherche de gènes spécifiques qui sont des signatures de parasites comme les oxyures, ainsi que de bactéries pathogènes.
En savoir plus: Vous hébergez peut-être un parasite en ce moment. Voici comment le savoir
Pour extraire cet ADN, les chercheurs ont dû prélever des échantillons de paléofèces de la grotte. C’était plus difficile que prévu : « Nous avons dû broyer ces excréments anciens en poudre. Nous ne pouvions pas vraiment les briser en morceaux », explique Capone. Ils ont effectué la procédure pour rechercher des correspondances d’ADN et ont obtenu des résultats suggérant qu’un certain nombre d’agents pathogènes différents se trouvaient dans les excréments, notamment les oxyures, le parasite protozoaire Giardia et diverses bactéries pathogènes.
De nombreuses selles se sont révélées positives pour plusieurs organismes. D’après l’expérience de Capone, un si grand nombre d’agents pathogènes n’est pas rare dans les endroits où l’assainissement est médiocre, ce qui lui fait soupçonner que les personnes qui ont déposé ces excréments il y a tant de siècles se trouvaient dans une situation similaire.
Pourquoi le choix de la technique est important
Cependant, il y a des raisons pour lesquelles la plupart des laboratoires travaillant avec de l’ADN ancien n’utilisent plus ces procédures, expliquent Kirsten Bos et Alexander Hubener, tous deux spécialistes de l’ADN ancien à l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutive. L’ADN a tendance à se désagréger avec le temps, s’effilochant et se fragmentant. L’ancienne technique utilisée dans le PLoS UN papier favorise les morceaux d’ADN plus longsce qui signifie qu’il est difficile d’être sûr que ce que vous voyez est réellement un ADN ancien et non un ADN moderne introduit par accident. Les laboratoires spécialisés dans l’ADN ancien disposent de salles blanches de haute technologie pour minimiser la contamination. Ils utilisent également un séquençage de nouvelle génération optimisé pour une substance aussi fragile.
De plus, la plupart des laboratoires vérifient les extrémités des fragments d’ADN, là où se produit un effilochage distinctif, pour confirmer que ce qu’ils examinent est vraiment ancien. Avec la technique dans le PLoS UN Dans son article, « il est difficile de savoir si ces modifications chimiques qui se produisent dans l’ADN ancien se sont produites », explique Bos.
En savoir plus: 5 gastro-entérologues sur la chose que vous devriez faire chaque jour
Capone affirme que de nombreux organismes testés ne sont pas capables de vivre longtemps en dehors de l’intestin humain, de sorte que le risque d’obtenir un faux positif à partir de l’ADN moderne détecté lors des voyages des excréments pourrait être assez faible. De plus, les travaux de laboratoire spécialisés sur l’ADN ancien peuvent être coûteux, et cette technique plus ancienne est plus accessible.
Hubener, qui faisait partie de l’équipe à l’origine de l’article de 2021 analysant des échantillons de crottes de la grotte, se dit sceptique quant aux correspondances avec des bactéries – celles-ci peuvent être particulièrement difficiles à identifier dans des échantillons anciens avec cette technique. Cependant, compte tenu des découvertes de son équipe et de ce que nous savons sur la biologie des parasites, il affirme que les découvertes sur les parasites plus gros comme les vers sont sur des bases un peu plus solides. «C’est pour moi crédible», déclare Hubener.
Ce qui aurait été particulièrement intéressant aurait été d’utiliser à la fois les anciennes techniques et les nouvelles sur les mêmes échantillons, explique Bos. Cela indiquerait clairement ce que les anciennes techniques peuvent détecter de manière fiable et qui apparaît également avec les procédures les plus récentes et les plus strictes.
« Cela aurait été une très bonne façon d’avancer », dit-elle.
